מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור, השופט (בדימוס) יוסף חיים שפירא, החליט בהחלטה תקדימית ויוצאת דופן לתת לרפי רותם צו הגנה על זכויותיו בהתאם לחוק מבקר המדינה.
הצו קובע למר רותם פיצוי של 36 חודשי שכר לפי משכורתו האחרונה משוערך להיום. עוד פסק מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור, כי נוכח העובדה שיש לראות במר רותם כמי שפוטר ממקום עבודתו, תשלם לו המדינה גמלה למפרע מאז סיום העסקתו באוקטובר 2007 וכן גמלה שוטפת מכאן והלאה.
רפי רותם פנה לראשונה למשרד מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור בשנת 2005 בתקופת כהונתו של השופט (בדימוס) אליעזר גולדברג וטען לחשיפת מעשי שחיתות ברשויות המס. כן ביקש אז צו הגנה כנגד העברתו לתפקיד אחר ברשות המיסים. הבירור הופסק בשעתו נוכח קיום הליכים שיפוטיים בעניין. בשנת 2007 בעת כהונתו של השופט (בדימוס) מיכה לינדנשטראוס כמבקר המדינה ונציב תלונות הציבור, הוא פנה שנית בטענות על מעשי שחיתות ברשויות המס. הפניות נבדקו בשעתן.
מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור המכהן, השופט (בדימוס) יוסף חיים שפירא, נדרש לעניינו של רפי רותם בשלישית לאחר תחילת כהונתו. בחודש ינואר 2014, יותר משבע שנים מאז הפסקת עבודתו ברשות, הגיש בא כוחו של מר רותם, עו"ד חי בר-אל, תלונה פורמלית על פגמים קשים בהחלטה להפסיק את עבודתו ברשויות המס. בעקבות כך נפתח בנציבות תלונות הציבור במשרד מבקר המדינה בירור בעניינו זה של רפי רותם. במקביל הוקם מחדש צוות במשרד המבקר ששמע שוב את טענותיו של מר רותם ובוחן אותן כעת.
בהחלטה על מתן צו ההגנה דוחה מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור השופט (בדימוס) יוסף חיים שפירא את טענת הרשות כי יש לראות ברפי רותם כמי שהתפטר וקובע כי יש לראות אותו כמי שפוטר על ידי רשות המיסים שלא כדין ולתת לו את הסעדים הנגזרים מכך.
עוד קובע מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור כי החלטת רשות המיסים לראות את מר רותם כמי שזנח את מקום עבודתו הושפעה ממעשיו לחשיפת שחיתות ברשות המיסים במהלך השנים 2006-2007.
לפיכך, כאמור, קובע מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור השופט בדימוס יוסף חיים שפירא, כי נוכח הליקויים החמורים בהחלטת רשות המיסים לסיים את העסקתו של רפי רותם באוקטובר 2007 הוא מורה על מתן צו להגנה על זכויותיו.
ההחלטה בתלונת מר רפי רותם על רשות המיסים